Os inibidores químicos de Herc1 funcionam principalmente através da obstrução da via ubiquitina-proteassoma, um mecanismo celular que Herc1 utiliza para marcar proteínas indesejadas ou danificadas para degradação. A MG132, por exemplo, actua como um inibidor potente e reversível do proteassoma, impedindo assim a degradação das proteínas que a Herc1 marcou com ubiquitina. Isto leva a uma acumulação destas proteínas na célula, inibindo funcionalmente o Herc1 ao interromper a rotação e a regulação típicas dos níveis de proteínas que normalmente geriria. Do mesmo modo, a epoxomicina actua como um inibidor seletivo e irreversível do proteassoma, visando a mesma via de degradação e conduzindo a uma inibição semelhante da atividade da Herc1, impedindo a degradação dos seus substratos ubiquitinados.
A Lactacistina e o Bortezomib partilham o mecanismo de inibição do proteassoma, com a Lactacistina a ligar-se covalentemente ao proteassoma 20S e o Bortezomib a utilizar a sua porção de ácido borónico para inibir o proteassoma 26S. Estas interacções resultam no bloqueio das funções proteolíticas que normalmente degradam as proteínas marcadas com Herc1. O carfilzomib, o oprozomib e o marizomib, todos inibidores irreversíveis do proteassoma, conduzem de forma semelhante à inibição funcional da Herc1, garantindo que as proteínas ubiquitinadas não são degradadas, interferindo assim com o papel da Herc1 na manutenção da proteostase celular. O ixazomib, o delanzomib e o nelfinavir ligam-se e inibem a atividade do proteassoma, o que tem um impacto direto na funcionalidade da Herc1, impedindo a degradação proteasomal de que esta depende. A withaferina A, outro inibidor do proteassoma, funciona de forma análoga, impedindo o processo de degradação das proteínas-alvo do Herc1. Por último, o dissulfiram é capaz de inibir a via de degradação proteasomal, o que inibe indiretamente a Herc1 ao provocar uma acumulação de proteínas que a Herc1 marcou para degradação, paralisando assim as actividades reguladoras da proteína na célula.
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