Os inibidores químicos da HDA7 utilizam vários mecanismos moleculares para impedir a sua função. A tricostatina A, por exemplo, liga-se diretamente à enzima, elevando assim os níveis de acetilação das histonas e impedindo que a enzima exerça os seus efeitos de silenciamento genético. Do mesmo modo, o ácido hidroxâmico de suberoilanilida (SAHA), também conhecido como Vorinostat, tem como alvo o local catalítico da HDA7, obstruindo a sua capacidade de remover grupos acetilo das histonas. Esta ação resulta numa estrutura de cromatina aberta conducente à expressão genética. Um outro inibidor, o ácido valpróico, compete com a acetil-coenzima A no domínio catalítico do HDA7, conduzindo à hiperacetilação das histonas. O butirato de sódio também interage com o local catalítico do HDA7, o que leva a uma configuração da cromatina transcritivamente ativa.
O entinostato, um inibidor benzamida da histona desacetilase, liga-se seletivamente ao HDA7, enquanto a romidepsina, um péptido cíclico, quelata o ião Zn2+ no local ativo do HDA7, essencial para a sua atividade. O panobinostato, um inibidor de HDAC de largo espetro, liga-se de forma não selectiva ao HDA7, entre outros HDAC, inibindo a sua atividade de desacetilase. O belinostato, outro inibidor do tipo hidroxamato, tem como alvo várias enzimas HDAC, incluindo a HDA7, ligando-se aos seus domínios de ligação ao zinco. A chidamida, um inibidor seletivo da classe I da HDAC, liga-se ao local ativo da enzima e impede a sua função. O mocetinostato, que inibe os HDAC de classe I e IV, exerce o seu efeito ligando-se ao HDA7, levando a um aumento da acetilação das histonas. O Givinostat, à semelhança de outros inibidores baseados em hidroxamatos, interage com o domínio catalítico do HDA7, enquanto a Tacedinalina, um derivado da acetamida, inibe o HDA7 ligando-se ao seu sítio catalítico. Estas interacções entre os inibidores químicos e a HDA7 culminam na inibição da capacidade da enzima para desacetilar as proteínas histonas, afectando assim a estrutura da cromatina.
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