Os inibidores de sPLA2 do grupo II constituem um conjunto diversificado de compostos químicos que visam a atividade da enzima através de vários mecanismos. Estes inibidores funcionam principalmente através da interação direta com o local ativo da enzima ou através da modificação da dinâmica de interação com o substrato. Os inibidores diretos competem normalmente com os substratos naturais pelo sítio ativo ou modificam covalentemente resíduos essenciais do sítio ativo, tornando a enzima inativa. Os inibidores covalentes, como a manoalida, o brometo de p-bromofenacilo, o MJ33 e a tioeteramida-PC, formam ligações irreversíveis com resíduos de aminoácidos específicos no local ativo, impedindo assim o processamento do substrato.
Os inibidores competitivos, como o LY311727 e o Varespladib, assemelham-se estruturalmente ao estado de transição do substrato natural da enzima, o que lhes permite ocupar o local ativo e bloquear eficazmente o acesso ao substrato sem formar ligações irreversíveis. Outros inibidores actuam alterando o ambiente de funcionamento da enzima; por exemplo, a mepacrina reduz a disponibilidade do substrato ao interagir com a bicamada lipídica onde actua a sPLA2. Além disso, alguns inibidores actuam sobre domínios reguladores da enzima que são cruciais para a sua associação membranar, como é o caso do FKGK11, que tem como alvo o domínio de ligação à heparina, o que reduz indiretamente o acesso da enzima aos seus substratos. O oxadiazão representa um inibidor acidental que tem impacto na conformação estrutural da enzima, afectando a sua capacidade catalítica.
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