Os inibidores do EDEM3, como classe química teórica, abrangeriam compostos que inibem diretamente a atividade de corte de manose do EDEM3 ou modulam a capacidade da via ERAD para tratar glicoproteínas mal dobradas. Uma vez que não foi estabelecida a inibição direta do EDEM3, os produtos químicos enumerados são os que podem influenciar as vias e os processos associados à função do EDEM3. Entre os inibidores indirectos, a kifunensina, a swainsonina, a castanospermina e a 1-deoxinojirimicina visam diferentes aspectos do processamento dos glicanos. Ao inibir manosidases ou glucosidases específicas, estes compostos podem alterar a maturação das glicoproteínas, afectando assim os substratos que o EDEM3 normalmente reconheceria e processaria. Esta alteração pode levar a uma acumulação de proteínas mal dobradas, desafiando a capacidade da via ERAD e influenciando indiretamente a atividade do EDEM3.
Os moduladores da proteostase, como o MG132 e a eeyarestatina I, podem causar uma acumulação de proteínas ubiquitinadas, exacerbando o stress do RE e elevando indiretamente a carga sobre a função do EDEM3 na via ERAD. A tunicamicina e a brefeldina A perturbam a glicosilação e o tráfico de proteínas entre o ER e o aparelho de Golgi, respetivamente, o que pode levar a uma carga elevada de proteínas mal dobradas que exigiriam a degradação mediada pelo EDEM3. Os inibidores do EDEM3 seriam compostos capazes de interferir com a sua função na via ERAD, quer inibindo diretamente a sua atividade semelhante à da manosidase, quer influenciando o processo de degradação das glicoproteínas mal dobradas. No entanto, dada a falta de inibidores específicos, podemos considerar produtos químicos que influenciam a via ERAD ou os mecanismos de dobragem e degradação de proteínas no retículo endoplasmático (ER).
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