Os inibidores da CTPS2 englobam uma variedade de compostos químicos que atenuam indiretamente a atividade desta proteína através da manipulação das vias de síntese de nucleótidos e dos níveis de metabolitos celulares. Por exemplo, através da inibição de enzimas que são cruciais para a utilização da glutamina, um dador de azoto vital no processo de síntese de CTP, a função da CTPS2 é indiretamente prejudicada devido à disponibilidade reduzida deste substrato. Isto também é exemplificado por compostos que actuam como antimetabolitos da glutamina, que ao frustrarem as enzimas dependentes da glutamina, reduzem a glutamina acessível, restringindo assim inadvertidamente a atividade catalítica da CTPS2. Do mesmo modo, a interferência na síntese de novo das pirimidinas por enzimas como a dihidroorotato desidrogenase resulta num défice de nucleótidos de pirimidina, o que, por sua vez, invoca uma inibição de feedback que restringe a atividade da CTPS2. Além disso, os agentes que inibem a inosina monofosfato desidrogenase e a ribonucleótido redutase perturbam a homeostasia dos pools de nucleótidos, influenciando os mecanismos de feedback regulador a que a CTPS2 está sujeita, levando à sua inibição indireta. Entre esses distúrbios manifestam-se desequilíbrios nos níveis de GTP, dGTP e outros desoxirribonucleótidos, que podem impedir significativamente a função da CTPS2 na célula.
Além disso, a inibição indireta da CTPS2 pode ser conseguida através da utilização de compostos que afectam a síntese de timidilato e nucleótidos de purina, uma vez que tais perturbações podem desencadear uma cascata de inibições de feedback que afectam a atividade da CTPS2. A incorporação de análogos de nucleósidos nas vias de síntese de nucleótidos também pode levar a esta inibição, uma vez que podem levar à depleção ou acumulação do pool de dCTP, dependendo do seu mecanismo de ação, que depois influencia a CTPS2 através de processos de regulação de feedback. Notavelmente, os antagonistas da glutamina servem para inibir indiretamente a CTPS2 ao prejudicar a disponibilidade de glutamina para a produção de CTP a partir de UTP, demonstrando a intrincada interação entre as vias metabólicas e a regulação das actividades enzimáticas.
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