Os inibidores da CD1E abrangem uma série de compostos químicos que impedem a capacidade da proteína de apresentar antigénios lipídicos, o que é fundamental para o seu papel na vigilância imunitária. A estaurosporina, através da sua ampla inibição da quinase, prejudica a fosforilação de proteínas vitais para a maturação e o tráfico intracelular da CD1E, resultando na diminuição da sua função de apresentação de antigénios. A brefeldina A e a monensina perturbam o aparelho de Golgi, onde as modificações pós-traducionais do CD1E são cruciais, conduzindo assim a um processo de maturação deficiente e a uma consequente redução da sua função. A cloroquina e o cloreto de amónio aumentam o pH dos compartimentos endossómicos e lisossómicos, um passo que é vital para o processamento enzimático dos antigénios lipídicos, levando, em última análise, a uma deficiência na capacidade do CD1E para apresentar estes antigénios. A U 18666A e a Filipina interferem com o tráfico de colesterol e com a integridade das jangadas lipídicas, respetivamente, prejudicando ainda mais a eficiência de apresentação de antigénios da CD1E ao alterar o tráfico de vesículas e a composição da membrana celular que são essenciais para a sua função.
Além disso, a progesterona afecta indiretamente o CD1E, modulando o ambiente das citocinas, alterando o equilíbrio da resposta imunitária e reduzindo potencialmente a expressão ou a função das moléculas apresentadoras de antigénios. O GW4869 tem como alvo a via da esfingomielina-ceramida, essencial para a formação e o tráfico de vesículas, que é parte integrante da apresentação de antigénios lipídicos do CD1E. A 8-(4-Amino-1-metilbutilamino)-6-metoxiquinolina perturba a energia celular, prejudicando assim os processos dependentes de energia cruciais para o processamento endossómico e lisossómico do antigénio CD1E. A inibição das tirosina-cinases pela genisteína poderia reduzir os eventos de fosforilação necessários para o tráfico e a função do CD1E, enquanto a perturbação da actina pela citocalasina D poderia impedir o transporte intracelular e a expressão superficial do CD1E, diminuindo ainda mais as suas capacidades de apresentação de antigénios. Coletivamente, estes inibidores manifestam os seus efeitos visando as vias bioquímicas e celulares específicas das quais o CD1E depende para a sua atividade, conduzindo assim à sua inibição funcional.
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