Os inibidores químicos do CCDC128 actuam perturbando várias vias de sinalização e processos celulares que são cruciais para a atividade da proteína. A Wortmannin e o LY294002 têm como alvo a via da fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K), uma via que é essencial para múltiplas funções celulares, incluindo as relacionadas com o papel do CCDC128 no tráfico de membrana. Ao inibir a PI3K, estes produtos químicos suprimem a sinalização subsequentes que pode ser necessária para que o CCDC128 desempenhe as suas funções de forma eficaz. A esturosporina, um inibidor de quinase de largo espetro, pode inibir uma série de quinases, incluindo potencialmente as que modificam diretamente o CCDC128 através da fosforilação, uma modificação pós-tradução essencial que regula frequentemente a função das proteínas. O U0126 e o PD98059 são ambos inibidores da MEK, que é um ativador ascendente da ERK. Estes inibidores podem diminuir a ativação da ERK, interferindo com as vias de sinalização que envolvem o CCDC128, assumindo que este tem um papel nos processos mediados pela ERK.
Afectando ainda mais o CCDC128, o SB203580 e o SP600125 inibem especificamente a p38 MAP quinase e a c-Jun N-terminal quinase (JNK), respetivamente. Entre esses quinases estão envolvidos na resposta ao stress e em vários processos celulares, nos quais o CCDC128 pode estar envolvido. A inibição por esses produtos químicos interrompe as vias de sinalização das quais CCDC128 pode fazer parte, potencialmente prejudicando a função da proteína. A inibição da via mTOR pela rapamicina também pode suprimir vias essenciais para a atividade funcional do CCDC128. A brefeldina A perturba o transporte de proteínas ao inibir a Arf, um ator-chave na formação de vesículas, inibindo assim potencialmente o papel da CCDC128 nos processos de tráfico. Do mesmo modo, o Go6983 e o GF109203X, que são inibidores das isoformas da proteína quinase C (PKC), podem impedir os eventos de fosforilação necessários do CCDC128. Por último, a genisteína, ao inibir as tirosina quinases, pode perturbar vias de sinalização adicionais ou interacções proteicas necessárias para a função do CCDC128. Entre esses produtos químicos, cada um, através dos seus mecanismos distintos, pode cruzar-se com as vias utilizadas pelo CCDC128, levando à sua inibição funcional.
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