Os inibidores químicos da CALCOCO1 funcionam perturbando várias fases do processo autofágico, no qual se sabe que a CALCOCO1 está envolvida. A bafilomicina A1 e a concanamicina A têm como alvo o complexo V-ATPase, essencial para a acidificação das vesículas intracelulares. Ao inibir esta acidificação, estes produtos químicos impedem a maturação dos autofagossomas e a sua subsequente fusão com os lisossomas, um processo no qual a CALCOCO1 está implicada. Do mesmo modo, a cloroquina e o seu derivado mais potente Lys05 aumentam o pH nos lisossomas, prejudicando o processo de degradação nos autolisossomas e inibindo assim a função da CALCOCO1 relacionada com o turnover autofágico. A monensina também perturba a acidificação lisossómica, impedindo ainda mais a fusão entre autofagossomas e lisossomas, que é um passo crítico em que a CALCOCO1 exerce a sua função.
Por outro lado, substâncias químicas como a 3-Metiladenina, a Wortmannina, o LY294002 e a Spautin-1 inibem diferentes classes de fosfatidilinositol 3-quinases (PI3K) ou promovem a degradação dos seus complexos, essenciais para a nucleação e formação de autofagossomas. Ao impedir os passos iniciais da formação de autofagossomas, estes inibidores obstruem a via numa fase inicial, inibindo assim funcionalmente a CALCOCO1 ao não lhe permitir participar em fases posteriores da autofagia. Além disso, a Vinblastina e o Paclitaxel perturbam a dinâmica dos microtúbulos, que são cruciais para o tráfico de autofagossomas e eventual fusão com lisossomas, uma via de tráfico celular que é essencial para a função da CALCOCO1. O SAR405 inibe especificamente o complexo Vps34 PI3K, que tem um papel fundamental na iniciação da autofagia. A inibição do Vps34 afecta diretamente a formação de autofagossomas, inibindo assim a função da CALCOCO1 na via autofágica.
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