Os inibidores químicos da βA3-cristalina podem exercer os seus efeitos através de uma variedade de mecanismos que prejudicam a função da proteína. A quercetina, um flavonoide comummente encontrado em muitos frutos e vegetais, pode inibir a fosforilação da βA3-cristalina. A fosforilação é uma modificação pós-traducional que pode regular a atividade das proteínas e, ao impedir este processo, a quercetina pode alterar a atividade da βA3-cristalina. Da mesma forma, a curcumina, um componente da especiaria açafrão-da-terra, pode ligar-se a várias proteínas cristalinas e pode inibir a dobragem e a função adequadas da βA3-cristalina, que é essencial para manter a transparência e a refração do cristalino. O galato de epigalocatequina, outro tipo de flavonoide encontrado no chá verde, pode também ligar-se às cristalinas do cristalino e inibir a atividade tipo chaperona da βA3-cristalina, que desempenha um papel na prevenção da agregação de proteínas no cristalino.
Alguns produtos químicos têm como alvo a βA3-cristalina através de interacções que levam a alterações estruturais ou agregação. A clorpromazina, um fármaco antipsicótico, pode ligar-se às proteínas da cristalina e induzir a sua agregação, o que pode inibir a solubilidade e a função da βA3-cristalina. A exposição ao naftaleno tem sido associada à formação de cataratas, o que indica que pode perturbar a estrutura e a função das cristalinas do cristalino, como a βA3-cristalina. O acetato de chumbo e o formaldeído são ambos capazes de causar desdobramento e agregação de proteínas, o que pode inibir a função da βA3-cristalina. Por outro lado, o sulfato de zinco e o selenito de sódio podem induzir stress oxidativo ou ligar-se à proteína, alterando a sua estrutura e função. Por último, certos compostos, como o etanol e a ureia, podem provocar a desnaturação da proteína em concentrações elevadas, o que pode levar à inibição funcional da βA3-cristalina, perturbando as suas ligações de hidrogénio e a sua estrutura tridimensional.
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