Plasmide CRISPR/Cas9 KO XRN1 (h): sc-401910

Présentation

XRN1 code une exoribonucléase 5′→3′ hautement conservée qui assure le renouvellement des ARNm cytoplasmiques en dégradant les transcrits décapés et en éliminant les intermédiaires de dégradation de l’ARN. Elle constitue un élément central de la régulation post-transcriptionnelle de l’expression génique, en reliant le décapage et la dégradation exonucléolytique à des voies contrôlant la surveillance des ARNm, la dynamique des granules de stress et la détection par l’immunité innée d’ARN aberrants ou viraux. Par son rôle dans le contrôle qualité des ARN et le remodelage du transcriptome, XRN1 influence les réponses cellulaires au stress et à l’infection ainsi que des programmes plus larges de prolifération et de différenciation. Une dégradation de l’ARN dérégulée et une activité de XRN1 altérée ont été associées à des modifications de la signalisation de l’interféron, à des phénotypes neurodéveloppementaux et à des changements, pertinents pour le cancer, au sein des réseaux d’expression génique.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO XRN1 (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène XRN1 dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du XRN1, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert XRN1 à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine XRN1.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en XRN1 pour l'étude de la signalisation de XRN1, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de XRN1 essentiels à la fonction de XRN1
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de XRN1 pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le XRN1 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le XRN1 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus XRN1. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le XRN1 plasmide HDR (h) et le XRN1 (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie XRN1 pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles XRN1 définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.