Plasmide CRISPR/Cas9 KO DDX23 (h): sc-407132

Présentation

DDX23 code une hélicase à ARN de type DEAD-box qui agit comme composant central de la snRNP U5 au sein du spliceosome, où elle contribue au remodelage des complexes ARN–protéines afin de soutenir l’épissage des pré-ARNm. En régulant la reconnaissance des sites d’épissage et la dynamique du spliceosome, DDX23 influence la maturation des transcrits, l’équilibre des isoformes et, en aval, des programmes d’expression génique liés à la progression du cycle cellulaire et aux réponses au stress. La perturbation des hélicases associées au spliceosome peut modifier les profils d’épissage alternatif et la fidélité du traitement des ARN, des processus fréquemment impliqués dans le reprogrammation transcriptionnelle oncogénique et l’instabilité génomique. Ainsi, DDX23 est couramment étudiée dans le contexte du métabolisme de l’ARN, de la protéostasie et des voies reliant l’épissage à la signalisation des dommages à l’ADN.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO DDX23 (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène DDX23 dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du DDX23, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert DDX23 à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine DDX23.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en DDX23 pour l'étude de la signalisation de DDX23, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de DDX23 essentiels à la fonction de DDX23
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de DDX23 pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le DDX23 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le DDX23 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus DDX23. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le DDX23 plasmide HDR (h) et le DDX23 (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie DDX23 pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles DDX23 définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.