CD40 리간드(CD40L)의 화학적 억제제는 다양한 분자 메커니즘을 사용하여 이 단백질의 발현과 기능에 중요한 신호 경로를 방해합니다. 사이클로스포린 A와 FK506(타크로리무스)은 각각의 면역필린, 사이클로필린 및 FKBP12에 결합한 후 인산화효소 칼시뉴린을 직접 억제합니다. 이러한 억제는 CD40L 전사를 시작하는 데 필수적인 전사인자인 활성화 T세포의 핵인자(NF-AT)의 탈인산화와 그에 따른 핵 전위를 방지합니다. FK506과 구조적 유사성을 공유하는 아스코마이신도 FKBP12에 결합하여 칼시뉴린에 대한 억제 작용을 발휘함으로써 유사한 방식으로 NF-AT를 차단하고 CD40L 발현을 하향 조절합니다.
동시에 라파마이신은 FKBP12와 복합체를 형성하는 동시에 T세포 활성화의 다른 조절 축인 포유류 라파마이신 타겟(mTOR) 경로를 특이적으로 표적으로 삼아 작용 방식이 다릅니다. 그 결과 칼시뉴린 억제제가 표적으로 삼는 경로와 유사한 경로를 억제하여 CD40L 발현을 억제합니다. PD98059, SP600125, SB203580과 같은 다른 화학적 억제제는 각각 MEK, JNK, p38 MAPK와 같은 다양한 미토겐 활성화 단백질 키나아제(MAPK)를 표적으로 합니다. 이러한 키나아제는 복잡한 신호 캐스케이드의 일부로, 억제하면 CD40L의 상향 조절을 담당하는 전사인자의 활성화가 감소합니다. 워트만닌과 LY294002는 포스포이노시타이드 3-키나아제(PI3K) 억제제로, PI3K/Akt 경로를 차단하여 CD40L 발현에 필요한 세포 신호를 약화시키는 작용을 합니다. 반면 커큐민과 레스베라트롤은 CD40L의 조절에 관여하는 또 다른 전사인자인 NF-κB의 활성화를 억제하여 업스트림으로 작용합니다. 종합적으로 이러한 화학적 억제제는 세포 신호 네트워크 내의 중요한 노드 지점에 수렴하여 유전자 전사 메커니즘에 영향을 미치지 않고 CD40L의 기능적 존재를 효과적으로 감소시킵니다.
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