Plasmide CRISPR/Cas9 KO BAT1 (h): sc-403785

Présentation

DDX39B code BAT1 (également connu sous le nom d’UAP56), une hélicase ARN DEAD-box conservée qui favorise le remodelage, dépendant de l’ATP, des complexes ARN–protéines lors de l’épissage du pré-ARNm et de l’export de l’ARNm. BAT1 agit avec la machinerie TREX/d’export pour coupler la transcription, la dynamique du spliceosome et l’export nucléaire, façonnant ainsi les programmes d’expression génique et le contrôle qualité des ARN. Par ces fonctions, l’activité de DDX39B influence la prolifération cellulaire, les réponses au stress et la signalisation de l’immunité innée liée au traitement des ARN. Une régulation altérée des hélicases ARN et de la biogenèse des mRNP est fréquemment associée à des états transcriptionnels oncogéniques et à des phénotypes inflammatoires, ce qui fait de BAT1 une cible utile pour des études mécanistiques du métabolisme de l’ARN dans des modèles pertinents pour les maladies.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO BAT1 (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène DDX39B dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du DDX39B, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert DDX39B à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine BAT1.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en DDX39B pour l'étude de la signalisation de BAT1, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de DDX39B essentiels à la fonction de BAT1
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de DDX39B pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le BAT1 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le BAT1 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus DDX39B. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le BAT1 plasmide HDR (h) et le BAT1 (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie DDX39B pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles DDX39B définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.