ZNRF1の化学的阻害剤は、このユビキチンリガーゼと相互作用するタンパク質をリン酸化する酵素の活性を調節することによって機能する。例えば、SB-216763、LiCl、BIO、CHIR99021、Indirubin-3'-monoxime、TWS119、AR-A014418、Tideglusib、AZD1080などのGSK-3阻害剤は、ZNRF1の機能に関与すると思われる基質のリン酸化を阻害することができる。これらの基質へのリン酸基の付加を阻害することにより、阻害剤はZNRF1とその基質との相互作用を変化させることができる。GSK-3は様々なタンパク質をリン酸化の標的とすることで知られており、そのリン酸化シグナルはZNRF1と相互作用し、これらのタンパク質にユビキチンタグをつける能力に影響を与える。適切なリン酸化シグナルがなければ、ZNRF1の通常の標的が適切に認識されず、ZNRF1が介在するユビキチン化が減少する可能性がある。
一方、バルプロ酸、トリコスタチンA、ボリノスタットのようなHDAC阻害剤は、作用機序が異なる。これらはキナーゼ活性を直接阻害するのではなく、タンパク質のアセチル化状態を変化させる。アセチル化の変化は、ZNRF1の機能にとって重要なタンパク質間相互作用に影響を与える可能性がある。通常ZNRF1によってユビキチン化されるタンパク質は、アセチル化パターンが変化している可能性があり、ZNRF1がこれらの基質をどのように認識し、処理するかに影響を与える可能性がある。HDAC阻害剤は、これらのタンパク質のアセチル化状態を変化させることにより、ZNRF1の正常な機能を阻害し、標的タンパク質のユビキチン化を減少させる。このようなタンパク質のアセチル化の調節は、ZNRF1の基質結合やユビキチンリガーゼ活性と直接競合することなく、ZNRF1の活性を調節する間接的な方法として機能する。
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