ZNF346の活性化因子は同定されており、様々な細胞内メカニズムを通してその機能に影響を与え、タンパク質の転写活性を増強する。ある種の化合物は、プロテインキナーゼAを活性化する二次メッセンジャーであるサイクリックAMPの細胞内レベルを直接上昇させる。活性化されたキナーゼはZNF346をリン酸化し、DNA結合親和性と転写活性を高める。他の活性化因子は、cAMPの分解を阻害することによって機能し、それによってZNF346のリン酸化とそれに続く活性化につながるシグナル伝達カスケードを増幅する。さらに、細胞内カルシウム濃度を上昇させ、カルシウム/カルモジュリン依存性キナーゼを活性化する活性化因子もある。これらのキナーゼはまた、ZNF346のような転写因子をリン酸化し、その機能的活性を増強する可能性がある。
活性化因子の中には、直接的な刺激によって、あるいはキナーゼ活性のバランスを変化させることによって、プロテインキナーゼC経路を標的とするものがあり、ZNF346の活性を増強する間接的なメカニズムにつながる可能性がある。他の分子は転写因子を抑制する経路を阻害することが示されており、競合的阻害を減少させたり、遺伝子プロモーターからco-repressor複合体を除去することにより、間接的にZNF346の転写活性を増加させる。さらに、ある種の化合物はヒストン脱アセチル化酵素を阻害し、クロマチン構造を開かせ、ZNF346のような転写因子がDNA標的にアクセスしやすくする。
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