WDTC1阻害剤には、WDTC1タンパク質の関与を必要とする細胞内経路やプロセスを標的とすることで、WDTC1の機能的活性を抑制する様々な化合物が含まれる。ラパマイシン、MG-132、ボルテゾミブなどの化合物は、それぞれmTORとプロテアソームを阻害することによって作用し、それによってタンパク質の合成と分解の速度を低下させ、結果としてWDTC1の機能的要求を減少させる。同様に、クロロキンや3-メチルアデニン(3-MA)のようなオートファジー阻害剤は、細胞成分の分解を阻害し、このプロセスにおけるWDTC1の役割に対する要求をさらに低下させる。LY 294002とペリホシンは、PI3KとAktシグナル伝達経路を阻害することにより、細胞の成長と生存を抑制し、WDTC1が関与している可能性のあるタンパク質のターンオーバーとユビキチン化の必要性を減少させる。WZ4003によるNUAKファミリーキナーゼの阻害とC646によるヒストンアセチルトランスフェラーゼの標的化は、遺伝子発現とストレス応答を修正し、WDTC1の機能的活性を低下させる可能性がある。
さらに、スパウチン-1のベクリン1阻害はオートファゴソーム形成を阻害し、間接的にWDTC1のオートファジー関連タンパク質分解への関与を低下させる。Axitinibによるチロシンキナーゼシグナル伝達の阻害は、細胞増殖と血管新生を減少させ、その結果、タンパク質のターンオーバー速度が低下し、WDTC1の機能の必要性が減少すると考えられる。最後に、オリゴマイシンAは、ミトコンドリアのATP合成酵素を障害することによって、タンパク質の合成と分解を含む様々な細胞機能に必要なエネルギー供給を減少させ、それによってこれらの経路におけるWDTC1の役割に対する細胞の依存度を低下させる。これらのWDTC1阻害剤は、その標的作用を通して、タンパク質のユビキチン化と分解過程への関与に対する細胞からの要求を減少させることにより、WDTC1の機能的活性の累積的な減少を達成する。
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