フォルスコリンは、アデニルシクラーゼを刺激する能力で有名であり、それによって細胞内のcAMPレベルを増幅する。このcAMPの急増は、プロテインキナーゼAを活性化し、多数のタンパク質をリン酸化の標的とし、その活性状態を変化させる可能性がある。イオノマイシンは、カルシウムイオンによって制御されるタンパク質にとって重要な因子である細胞内カルシウム濃度を上昇させることによってその効果を発揮する。このカルシウム濃度の上昇は、一連のカルシウム依存性プロテインキナーゼを活性化し、その結果、WDR69のようなタンパク質をリン酸化し、それによって制御する可能性がある。PMAに代表されるホルボールエステルは、プロテインキナーゼCに直接結合して活性化することが知られている。この活性化により、多数のタンパク質上のセリン残基とスレオニン残基がリン酸化され、PKCシグナル伝達経路の一部であるか、またはPKCシグナル伝達経路によって制御されているタンパク質が含まれる可能性がある。同様に、8-Bromo-cAMPのようなcAMPのアナログは、細胞レセプターをバイパスしてPKAを直接活性化し、標的リン酸化事象を引き起こす。
5-アザシチジンやトリコスタチンAのようなエピジェネティック・モジュレーターは、細胞内の転写風景を変化させる。DNAメチルトランスフェラーゼとヒストン脱アセチル化酵素をそれぞれ阻害することにより、これらの化合物は遺伝子のアップレギュレーションとそれに伴うタンパク質発現の増加をもたらし、多数のタンパク質のレベルと機能に影響を与える可能性がある。キナーゼシグナル伝達の領域では、LY294002、U0126、SB203580、PD98059が主要なシグナル伝達経路の活性を調節する役割を果たすことで注目されている。それぞれPI3K、MEK、p38 MAPKを標的とすることで、これらの阻害剤は細胞内で代償反応を引き起こし、これらの経路に関与するタンパク質の発現を活性化または増強する可能性がある。タプシガルギンは、SERCAポンプを阻害することでカルシウムのホメオスタシスを破壊し、細胞質カルシウムレベルの上昇を引き起こし、同様にカルシウム依存性シグナル伝達過程の活性化につながる。プロテインホスファターゼの強力な阻害剤であるオカダ酸は、タンパク質をリン酸化状態で維持し、活性化状態を長引かせる。
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