UBAP2阻害剤は、主にユビキチン・プロテアソーム系(UPS)またはUBAP2が関与している可能性のある関連細胞プロセスに影響を与える化学物質のコレクションを包含する。MG-132、Lactacystin、Bortezomib、MLN2238、Withaferin Aを含むプロテアソーム阻害剤は、プロテアソームのタンパク質分解活性を標的とする。UPSに影響を与えることにより、これらの阻害剤は、ユビキチン化過程に関連するUBAP2のようなタンパク質の機能に間接的に影響を与える可能性がある。さらに、Eeyarestatin IやSpautin-1のように、それぞれ小胞体関連タンパク質分解(ERAD)やユビキチン特異的プロテアーゼなど、UPSの他の構成要素を標的とする化学物質もある。これらの薬剤は、UPS内でのUBAP2の機能に影響を与えることをさらに強化する。
一方、クロロキン、3-メチルアデニン、NH4Cl、コンカナマイシンAのような薬剤は、リソソーム機能や関連経路に影響を与える。UBAP2がエンドソームからリソソームへの輸送に関与していることから、これらの化合物は間接的にタンパク質の機能を調節している可能性がある。特に、クロロキンとNH4Clは、エンドソームからリソソームへの輸送の重要な側面であるリソソームの酸性化に影響を与える。
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