TMEM42阻害剤は、TMEM42タンパク質の機能を異なる細胞メカニズムで阻害する様々な化合物を含んでいる。ラパマイシンやLY294002のような化合物は、それぞれPI3K/ACT/mTOR経路やPI3K経路を減弱させることによって作用する。この経路は、タンパク質合成や細胞増殖の制御に不可欠な経路であり、TMEM42がその役割を担っていると推定される。同様に、MEKの阻害剤であるPD 98059とU0126は、TMEM42の潜在的な制御因子であるMAPK/ERK経路の活性化を阻害することにより、TMEM42活性のダウンレギュレーションをもたらす。広範なキナーゼ阻害剤であるスタウロスポリンとカルモジュリン拮抗剤であるW-7は、それぞれTMEM42のリン酸化状態とカルシウムを介した制御を破壊し、それによってTMEM42の活性を低下させることができる。さらに、Brefeldin AとTunicamycinは、ゴルジ装置の機能を破壊し、N-結合型グリコシル化を阻害することにより、TMEM42の輸送と翻訳後修飾を阻害し、TMEM42の機能的活性の低下をもたらす。
さらに、タプシガルギンはSERCAポンプを阻害することによってカルシウムの恒常性を乱す能力を持つので、TMEM42がカルシウム依存性のシグナル伝達に依存している場合、TMEM42に悪影響を及ぼす可能性がある。解糖系阻害剤である2-デオキシ-D-グルコースは、細胞のエネルギー産生を阻害することによって間接的にTMEM42の活性を低下させ、タンパク質のエネルギー依存性機能に影響を与える可能性がある。シクロヘキシミドは広範にタンパク質合成を阻害することによりTMEM42の機能的活性の低下に寄与し、一方クロロキンはエンドソームのpHを上昇させることにより、TMEM42の活性がpH感受性であれば、その活性を阻害する可能性がある。これらの阻害剤を総合すると、様々な生化学的経路を利用してTMEM42の機能的活性を低下させ、その結果、TMEM42の発現レベルを直接変化させることなく、このタンパク質を阻害する多面的なアプローチを提供することになる。
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