TMEM33の化学的阻害剤は、機能阻害を達成するために様々な細胞プロセスを標的とすることができる。Alsterpaulloneは、サイクリン依存性キナーゼを阻害することにより、TMEM33のリン酸化状態を低下させることができる。Tapsigarginは、サルコ/小胞体Ca2+-ATPase(SERCA)を阻害することによってカルシウムのホメオスタシスを破壊し、TMEM33は細胞内のカルシウムシグナル伝達に関与しているので、このような破壊はTMEM33の活性に直接影響を与える可能性がある。同様に、Tunicamycinは、TMEM33が適切な機能を発揮するために必要と思われる翻訳後修飾であるN-結合型グリコシル化を阻害し、その阻害につながる。Brefeldin AとMonensinは、それぞれTMEM33のプロセッシングと輸送に重要なゴルジ装置とリソソームの酸性化を阻害する。
細胞の代謝経路をさらに下ると、オリゴマイシンと2-デオキシ-D-グルコースは、それぞれATP合成酵素と解糖を阻害することによって、細胞のATPレベルを低下させる。ATPは様々な細胞機能のエネルギー通貨であるため、ATPの減少はTMEM33を含むエネルギー依存性のプロセスを阻害する可能性がある。ミトコンドリア複合体I阻害剤であるロテノンも同様にATP産生の減少を引き起こし、その機能がATP依存性であればTMEM33を阻害する可能性がある。コンカナマイシンAは、V-ATPaseプロトンポンプを阻害することにより、エンドソームの酸性化を阻害し、TMEM33のエンドソームでの選別と輸送に影響を与え、機能阻害につながる可能性がある。MG-132によるプロテアソーム阻害は、ミスフォールディングしたTMEM33タンパク質の蓄積を引き起こし、その結果、TMEM33の機能を阻害する可能性がある。シクロヘキシミドはタンパク質合成を停止させ、TMEM33の合成を完全に阻害する。最後に、カンプトテシンはDNAトポイソメラーゼIを阻害し、DNA損傷と細胞周期の停止を引き起こすが、このプロセスが阻害されるとTMEM33の機能が阻害される。
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