TMEM231阻害剤として分類される化学物質は、TMEM231タンパク質の機能経路に間接的に影響を与えることができる化合物である。TMEM231は一次繊毛の構造と機能、Shhシグナル伝達経路に関与しているので、これらの機能を阻害する化合物は間接的な阻害剤として機能することができる。シクロパミン、vismodegib、GANT61、jervine、SANT1、SANT2、イトラコナゾールは、Shh経路を異なるポイントで標的とする分子の例である;vismodegib、SANT1、SANT2、イトラコナゾールは、Smoothenedに対するアンタゴニストとして作用し、それによって経路の活性化を妨げ、おそらくTMEM231の機能的貢献に影響を与える。
一方、フォルスコリン、U18666A、メベンダゾール、シリオブレビンA、シリオブレビンDのような化合物は、毛様体の構造と機能に影響を与える。U18666Aは毛様体膜の組成を変化させる。メベンダゾールは微小管の安定性を損なうので、TMEM231が関与する毛様体形成と毛様体維持に影響を与える可能性がある。Ciliobrevin AとDは毛様体輸送を阻害するため、毛様体の形成と機能におけるTMEM231の役割に影響を与える可能性がある。
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