TAF II p70の化学的阻害剤は、主にクロマチンとの相互作用を阻害することによって、様々な作用様式で転写開始複合体におけるタンパク質の役割を標的とする。トリコスタチンA、モセチノスタット、エンチノスタット、ボリノスタット、ベリノスタット、パノビノスタット、ロミデプシン、キシノスタット、ジビノスタットはすべてヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)阻害剤として機能する。これらの阻害剤はヒストンのアセチル化レベルを上昇させ、クロマチン構造を変化させる。ヒストンのアセチル化状態を変化させることにより、これらの化学阻害剤はTAF II p70とクロマチンとの正常な相互作用を阻害し、転写開始複合体内でのその機能を阻害する。クロマチン構造の変化は、これらの化合物がTAF II p70に影響を及ぼす重要なメカニズムである。
フラボピリドールは、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤として作用するという異なるメカニズムで作用する。これらのキナーゼを阻害することにより、フラボピリドールはTAF II p70に関連するタンパク質のリン酸化を低下させることができ、これは転写開始過程におけるTAF II p70の機能的活性にとって重要であると考えられる。一方、セリシスタットはHDACの一種であるサーチュイン酵素を標的とし、ヒストンの脱アセチル化にも関与する。サーチュインの活性を阻害することにより、セリシスタットはクロマチンのアセチル化パターンに変化をもたらし、TAF II p70とクロマチンとの相互作用に影響を与える。CUDC-907は、HDACを阻害するだけでなく、ホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)も標的とする点でユニークである。PI3K阻害はTAF II p70の調節には直接関係しないが、この化合物のHDAC阻害活性は、転写開始複合体におけるその役割にとって重要な、タンパク質とクロマチンとの相互作用に影響を与える可能性がある。
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