Staf-50活性化因子は主に、エピジェネティック修飾によって遺伝子発現を調節したり、翻訳後修飾によってタンパク質の機能を変化させたりする経路で機能する。エピガロカテキンガレート、5-アザシチジン、ゼブラリン、RG108などの化合物は、DNAメチルトランスフェラーゼ(DNMT)を阻害することによって機能する。DNMTは、遺伝子座のDNAにメチル基を付加することによってStaf-50の発現を抑制し、一般に遺伝子の転写を低下させる。これらの酵素の活性が阻害されると、DNAのメチル化が減少し、Staf-50の転写が促進され、その結果、機能的活性が増加する。
一方、ゲニステイン、ケルセチン、ダサチニブのような化学物質は、タンパク質チロシンキナーゼ(PTK)を阻害することによって、Staf-50の機能性を高める。PTKはStaf-50をリン酸化して不活性化することが知られており、その阻害によってタンパク質の活性が高まる。同様に、ヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)もStaf-50活性化因子の標的となる酵素のひとつである。トリコスタチンA、ボリノスタット(スベロイルアニリドヒドロキサム酸)、酪酸ナトリウム、イソチオシアン酸フェネチルなどの化合物はHDACを阻害し、ヒストンからアセチル基を除去するのを防ぐ。この阻害により、Staf-50の発現が促進される。最後に、ピリドスタチンは、Staf-50プロモーター領域のG-四重鎖を安定化させ、その転写を促進することによって、Staf-50の機能を増強する。
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