SR-αの化学的阻害剤には、タンパク質の機能に不可欠な様々な細胞内プロセスを阻害する様々な化合物が含まれる。シクロヘキシミドはタンパク質合成機構を直接標的とし、それによってSR-αの産生を他の細胞タンパク質とともに減少させる。このようにタンパク質合成を無差別に阻害することで、SR-αの細胞内レベルを確実に維持することができる。同様に、ブレフェルジンAは小胞体からゴルジ体への輸送を阻害することにより、分泌経路を混乱させる。SR-αの活性は細胞内での正しい輸送に依存しているため、この阻害はSR-αの適切な局在化とプロセシングを妨げる可能性がある。イオノフォアとして作用するモネンシンは、細胞内のpHレベルを乱し、ゴルジ体の機能を阻害する。その結果、SR-αの成熟と輸送をゴルジ体に依存するため、SR-αの誤局在化と機能阻害を引き起こす可能性がある。
ツニカマイシンは、SR-αの適切なフォールディングと安定性にとって重要な翻訳後修飾であるN-結合型グリコシル化を阻害する。適切なグリコシル化がなされないと、SR-αは機能しなくなる可能性がある。デオキシノジリマイシンとカスタノスペルミンはともに、糖タンパク質のプロセッシングに関与するグリコシダーゼ酵素を阻害し、細胞内で役割を果たすことができないミスフォールディングあるいは不安定な形態のSR-αを蓄積させる可能性がある。SwainsonineはマンノシダーゼIIを標的とし、糖タンパク質のプロセシングに影響を与えるので同様の結果をもたらす。タプシガルギンは、SERCAを阻害することによってカルシウムのホメオスタシスを破壊し、このタンパク質がその活性をカルシウムシグナルに依存している可能性があるため、SR-αの機能に影響を及ぼす可能性がある。脂肪酸合成酵素を阻害するセルレニンは、脂質合成と膜組成を変化させ、SR-αのような膜関連タンパク質の局在と機能に影響を及ぼす可能性がある。フィリピンは膜中のコレステロールと相互作用し、脂質ラフトドメインを乱し、SR-αの適切な局在と機能を阻害する可能性がある。クロロキンは、エンドソームやリソソームのpHを上昇させることにより、SR-αのエンドサイトーシスリサイクルに影響を及ぼし、必要な細胞内への適切な輸送を妨げることにより、SR-αの機能阻害につながる可能性がある。最後に、オリゴマイシンはATP合成酵素を阻害し、細胞内のATPレベルを低下させる。ATP合成酵素は、SR-αを含む多くのATP依存性プロセスに必要であり、その結果、SR-αの活性に必要不可欠なエネルギー通貨を奪ってその機能を阻害する。
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