SMEK1の化学的阻害剤には、特定の細胞経路を妨害し、間接的にこのタンパク質の機能阻害につながる様々な化合物が含まれる。例えば、オカダ酸やカリクリンAは、タンパク質リン酸化酵素PP1やPP2Aの活性を標的とする。これらのホスファターゼを阻害することによって、細胞内のリン酸化状態が変化し、その結果、これらの酵素によって脱リン酸化されるはずのタンパク質が高リン酸化される可能性がある。このようなリン酸化状態の変化は、SMEK1が基質と相互作用したり、適切に制御されたりするのを妨げ、その機能を阻害する可能性がある。
さらに、PKA阻害剤としてのH-89は、SMEK1経路内のタンパク質のリン酸化を変化させ、間接的にその機能を阻害する可能性がある。ラパマイシンは、mTORを特異的に阻害することにより、mTORC1およびmTORC2複合体を破壊し、特定のシグナル伝達経路内でのSMEK1の局在化または制御機能に不可欠であると考えられる。PI3K阻害剤であるLY294002とWortmanninは、PI3K依存性経路内の下流標的の活性化を防ぐことができ、これはSMEK1の活性にとって重要である可能性がある。MAPK/ERK経路のMEK1/2を阻害するU0126とPD98059も、SMEK1の阻害につながる可能性がある。トリシリビンは、Aktを選択的に阻害することで、SMEK1に影響を及ぼす可能性がある。SB203580のp38 MAPキナーゼ阻害は、ストレス応答経路におけるSMEK1の役割に影響を与え、SP600125のJNK阻害はSMEK1に影響を与える可能性がある。
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