SIKEの化学的阻害剤は、TBK1/IKKεを介するシグナル伝達におけるその役割に関連する様々なメカニズムを通して、タンパク質の機能を阻害することができる。幅広いキナーゼ阻害剤であるStaurosporineは、SIKEが制御していると考えられるキナーゼ活性を阻害し、それによって関連するシグナル伝達経路を調節することができる。同様に、ホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)の特異的阻害剤であるWortmanninとLY294002は、TBK1/IKKε複合体の完全な活性化に必要なPI3Kシグナルを減少させることにより、SIKEの調節作用を間接的に阻害することができる。PI3K/AKT経路の構成要素であるmTORを標的とするラパマイシンもまた、TBK1/IKKε複合体の上流にあると考えられる下流のシグナル伝達成分を阻害することにより、間接的にSIKEに影響を及ぼす可能性がある。
SIKEのさらなる間接的阻害は、それぞれp38 MAPキナーゼとc-Jun N末端キナーゼ(JNK)を標的とするSB203580とSP600125の適用で観察される。p38 MAPKとJNKの両方がTBK1シグナル伝達に影響を与えることを考えると、それらの阻害はSIKEの機能的活性を低下させる可能性がある。MEK阻害剤であるU0126やPD98059などの追加化合物は、TBK1/IKKεシグナル伝達に潜在的に関連するMEK/ERK経路を抑制することができ、それによって間接的にSIKEの役割に影響を与える。BAY 11-7082のNF-κB活性化阻害作用とIKK-16のIKK2阻害作用も、TBK1活性のダウンレギュレーション、ひいてはSIKE活性のダウンレギュレーションにつながる可能性がある。最後に、それぞれプロテインキナーゼCとATMキナーゼを阻害するGo6976とKU-55933は、TBK1の機能に影響を与えるシグナル伝達経路を変更することができ、それによってこれらの経路内で間接的にSIKEの活性を調節することができる。
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