Gli inibitori chimici della SIKE possono interferire con la funzione della proteina attraverso vari meccanismi relativi al suo ruolo nella segnalazione mediata da TBK1/IKKε. La staurosporina, un inibitore di chinasi ad ampio spettro, può inibire l'attività di chinasi che si ritiene SIKE regoli, modulando così le vie di segnalazione associate. Allo stesso modo, Wortmannin e LY294002, entrambi inibitori specifici delle fosfoinositide 3-chinasi (PI3K), possono inibire indirettamente le azioni modulatrici della SIKE riducendo la segnalazione PI3K, necessaria per la piena attivazione del complesso TBK1/IKKε. Anche la rapamicina, che ha come bersaglio mTOR, un componente della via PI3K/AKT, può influenzare indirettamente la SIKE inibendo i componenti di segnalazione a valle che possono essere a monte del complesso TBK1/IKKε.
Un'ulteriore inibizione indiretta della SIKE si osserva con l'applicazione di SB203580 e SP600125, che hanno come bersaglio rispettivamente la p38 MAP chinasi e la c-Jun N-terminal chinasi (JNK). Dato che sia p38 MAPK che JNK possono influenzare la segnalazione di TBK1, la loro inibizione può ridurre l'attività funzionale di SIKE. Altri composti come U0126 e PD98059, entrambi inibitori di MEK, possono sopprimere la via MEK/ERK, potenzialmente legata alla segnalazione di TBK1/IKKε, influenzando così indirettamente il ruolo di SIKE. Anche l'inibizione dell'attivazione di NF-κB da parte di BAY 11-7082 e l'inibizione di IKK-16 da parte di IKK2 possono portare a una downregulation dell'attività di TBK1 e quindi dell'attività di SIKE. Infine, Go6976 e KU-55933, che inibiscono rispettivamente la protein chinasi C e la chinasi ATM, possono modificare le vie di segnalazione che influenzano la funzione di TBK1, modulando così indirettamente l'attività di SIKE all'interno di queste vie.
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