POLR2E阻害剤は多様な化合物からなり、その多くはRNAポリメラーゼIIを標的とするか、関連する細胞経路に影響を与え、それによって間接的にPOLR2Eサブユニットに影響を与える。α-アマニチンはその強力さで知られており、RNAポリメラーゼIIを直接阻害する。アクチノマイシンDのメカニズムはDNAのインターカレーションを伴い、RNAポリメラーゼIIの進行を不可能にする。一方、トリプトライドはポリメラーゼのXPBサブユニットに特異的に結合し、その機能を阻害する。
間接的に影響を及ぼす化合物もある。DRBとフラボピリドールは、転写に不可欠なRNAポリメラーゼIIのリン酸化状態に干渉する。JQ1のメカニズムはさらに間接的で、転写制御に重要な役割を果たすBETブロモドメインを標的とする。プレmRNAのスプライシングを阻害するプラジエノライドBや、CDK7を標的とするTHZ1の効果も、RNAポリメラーゼIIに現れる。コルディセピンやMLN4924のような他の化合物は、幅広いメカニズムをもたらす。Cordycepinが早期の転写終結を促すのに対して、MLN4924は様々な細胞プロセスに影響を与える。ソラフェニブやイブルチニブのようなキナーゼ阻害剤は、その幅広い細胞への影響を通してRNAポリメラーゼIIの機能を調節することができる。
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