POLR2Dの化学的活性化剤は、RNAポリメラーゼIIのこのサブユニットの活性に影響を与えるために、様々なメカニズムで働く。アミロリドはナトリウムチャネルを阻害することで機能し、細胞内のナトリウム濃度を上昇させる。このような細胞内のイオン環境の変化は、イオンの恒常性を維持するための細胞反応の一部として、POLR2Dの活性を高める可能性がある。一方、DRBとフラボピリドールは転写伸長過程を標的とする。DRBは、RNAポリメラーゼIIの活性化に不可欠な正転写伸長因子b(P-TEFb)を阻害する。この阻害の結果、POLR2Dが代償的に活性化され、必須の転写プロセスを維持する。同様に、フラボピリドールはP-TEFb複合体内のCDK9を阻害し、一時停止していたRNAポリメラーゼIIを放出させ、その後転写が再開されるとPOLR2Dの活性を増加させる。
他の化学活性化剤はクロマチン構造と遺伝子発現に影響を与え、それによってPOLR2D活性に影響を与える。例えば、トリコスタチンAはヒストン脱アセチル化酵素を阻害し、その結果、クロマチン構造がよりオープンになり、POLR2Dが転写のためにDNAにアクセスしやすくなる。I-BET151とJQ1は、アセチル化ヒストンとブロモドメインの相互作用を阻害し、POLR2Dを含むRNAポリメラーゼII複合体のクロマチンへのリクルートを促進する。C646は、ヒストンアセチルトランスフェラーゼp300を選択的に阻害し、POLR2Dのリクルートと活性化を増加させる転写変化をもたらす。BIX-01294は、G9aヒストンメチル化酵素を阻害し、POLR2Dの活性を高めるような形でクロマチンを変化させる。プロテアソーム阻害剤であるMG132は、POLR2Dと相互作用し活性化する可能性のあるタンパク質を増加させる。シクロヘキシミドはタンパク質合成を阻害し、POLR2Dの活性化を含む転写活性の上昇をもたらす。最後に、VP16はDNA損傷を引き起こし、DNA修復遺伝子を転写するための細胞応答の一部としてPOLR2Dを活性化し、ピリドスタチンはG-四重鎖構造を安定化し、RNAポリメラーゼIIの進行を困難にし、その後、これらの構造を解消して転写を継続するためにPOLR2Dの活性化につながる。
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