PIG-Hの阻害剤は、グリコシルホスファチジルイノシトール(GPI)アンカー生合成の中心であるこのタンパク質の機能的活性を間接的に低下させる様々な生化学的プロセスを標的とする。これらの阻害剤が作用する一つのメカニズムは、PIG-Hがその機能に必要とするタンパク質の成熟と適切な局在化に必要な翻訳後修飾を破壊することである。これは、脂質化に影響を与えるファルネシルトランスフェラーゼのような酵素の阻害や、フリン阻害によるタンパク質分解処理の阻害によって起こりうる。さらに、膜動態の操作も戦略の一つであり、細胞膜内の脂質ラフト形成を阻害したり、膜流動性を変化させたりする薬剤は、PIG-Hを介したアンカー過程に障害を与える可能性がある。コレステロールに結合する化合物や界面活性剤として作用する化合物は、細胞膜の生物物理学的特性を調節して間接的にPIG-H活性を阻害する方法の例である。
さらに、小胞体(ER)やゴルジ体のような小器官の構造的完全性と機能は、GPIアンカーの組み立てに必須であり、したがってそのプロセスにおけるPIG-Hの役割にも必須である。小胞体ストレスを引き起こしたり、ゴルジ体の正常な機能を破壊したりする化学物質は、GPIアンカータンパク質の不適切なフォールディングと輸送につながる可能性がある。その結果、PIG-Hがこれらのタンパク質にGPIアンカーを結合させることができなくなる可能性がある。この酵素的ステップはこれらのオルガネラのタンパク質品質管理システムと密接に結合しているからである。加えて、イノシトール、エタノールアミン、アシル鎖のようなGPI生合成に必要な前駆体の利用可能性や代謝を阻害する低分子の使用も、PIG-H活性の低下につながる可能性がある。
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