PACS-1bの化学的阻害剤は、細胞内でのタンパク質のソーティングと輸送能力を阻害する様々なメカニズムで機能する。例えば、Wortmanninは、小胞形成に不可欠なホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)を標的とし、PI3Kを阻害することにより、小胞輸送におけるPACS-1bの適切な機能を妨げる。Dyngo-4aとMiTMABはダイナミン阻害剤であり、PACS-1bが制御しているエンドサイトーシスとエキソサイトーシスのプロセスに不可欠なクラスリン被覆小胞の分裂を阻害する。もう一つの阻害剤であるピットストップ2は、クラスリンとそのアダプタータンパク質との相互作用を阻害することによって、クラスリンを介したエンドサイトーシスを特異的に阻害する。同様に、Exo1はエキソシスト複合体を破壊する。エキソシスト複合体は小胞を細胞膜に繋ぎとめる鍵となるもので、PACS-1bが関与するエキソサイトーシス経路に必要なステップである。
一方、ブレフェルジンAはゴルジ装置構造を破壊し、トランスゴルジネットワークにおけるPACS-1b関連タンパク質の選別に直接影響を与える。ゴルジサイドAはゴルジ体BFA耐性因子1(GBF1)を特異的に阻害し、ARFを介したゴルジ体からの小胞輸送を停止させる。Cdc42 GTPaseの阻害剤であるML141は、Rac1 GTPaseとARHGAP21をそれぞれ標的とするEHOp-016とCID 1067700とともに、アクチン細胞骨格の組織を破壊する。この組織は、PACS-1bがその機能のために依存している小胞移動の基礎となるものである。最後に、SecinH3とSMIFH2は、アクチン重合と細胞骨格の再編成に関与するサイトヘシンとホルミン・ファミリーのタンパク質を阻害する。これらの阻害による小胞輸送過程の阻害は、PACS-1bのソーティングと輸送機能に影響を及ぼし、化学的阻害剤がこのタンパク質の機能を調節するために用いることのできる幅広いメカニズムを示している。
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