ミオシン阻害剤化合物は、アクチン細胞骨格を乱したり、ミオシンのリン酸化状態を調節することによって機能する。例えば、ブレビスタチン、ML-7、Y-27632はミオシンのリン酸化状態に影響を与える。そうすることによって、これらの化合物は、リン酸化状態に活性を依存するミオシン-13を含むミオシンの運動機能を変化させることができる。ミオシンのリン酸化の調節に加えて、アクチン細胞骨格の完全性と動態は、ミオシン機能の重要な決定因子として機能する。ラトルンクリンA、サイトカラシンD、ジャスプラキノライドなどの化合物はアクチンに直接結合し、その重合を阻害するか、フィラメントを安定化させる。その結果、アクチンフィラメントに沿って移動するミオシン-13の運動活性が変化する。
アクチン制御タンパク質はまた、CK-636やSMIFH2のような阻害剤の標的となり、アクチンフィラメントの核形成や重合に影響を与える。アクチンネットワークの構造を変えることによって、これらの阻害剤はミオシン-13とアクチンフィラメントとの相互作用を変化させ、このモータータンパク質の力の発生と運動に影響を与えることができる。他の阻害剤は、間接的にミオシン活性に影響を与えるシグナル伝達経路を調節することによって働く。例えば、W-7はミオシンをリン酸化する酵素であるミオシン軽鎖キナーゼの制御に関与するカルシウム結合メッセンジャータンパク質であるカルモジュリンに対するアンタゴニストとして働く。
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