MPc3の化学的阻害剤は、MPc3の機能が細胞周期の制御と密接に関連していることから、細胞周期の制御を阻害することによって阻害効果を発揮することができる。PD 0332991、リボシクリブ、アベマシクリブなどの化合物はすべてCDK4/6阻害剤に分類され、網膜芽細胞腫タンパク質(Rb)のリン酸化に重要な酵素を直接標的とする。このリン酸化イベントは、細胞周期がG1からS期へ進行するための必須条件であり、MPc3が作用する領域として知られている。CDK4/6を阻害することにより、これらの化学物質は効果的にG1期停止を誘導し、MPc3がその機能を発揮する細胞内状況を抑制し、機能阻害につながる。同様に、OlomoucineとRoscovitineは、CDK1、CDK2、CDK5を含む様々なCDKを特異的に標的とし、MPc3が依存する相の進行を阻害することにより、細胞周期の停止、ひいてはMPc3の機能阻害にさらに寄与する。
CDK1とCDK2の強力な阻害剤であるAlsterpaulloneとPurvalanol Aもまた、細胞周期の進行を阻害し、MPc3の活性を間接的に阻害する。一方、DinaciclibとMilciclibは、阻害の範囲を他のCDKやTrkAのようなキナーゼにまで広げ、細胞周期だけでなく転写調節にも影響を与える。この広範な阻害は、MPc3の活性に不可欠な細胞プロセスを破壊する。フラボピリドールは、CDKを阻害することにより、特に細胞周期の進行に関連する転写制御に影響を与え、MPc3の機能阻害にさらに寄与する。SNS-032とAZD5438は、この阻害を細胞周期の移行と転写機構の両方に重要なCDKにまで拡大することで、MPc3の活性を助長しない細胞環境を作り出し、その機能阻害につながっている。
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