MIER1の化学的阻害剤は、クロマチンリモデリングと遺伝子発現制御におけるMIER1の役割に不可欠な、ヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)とのタンパク質の相互作用を阻害することによって機能する。トリコスタチンA、スベロイルアニリドヒドロキサム酸(SAHA)、MS-275は、MIER1のアソシエートとして知られるHDAC1の脱アセチル化酵素活性を標的とする。脱アセチル化過程を阻害することにより、これらの阻害剤はヒストンの高アセチル化状態を維持し、クロマチンのオープンなコンフォメーションと関連し、しばしば転写の増加につながる。MIER1の制御作用は、HDAC1を通じて提供されるリモデリング能力に依存しているため、HDAC1が阻害されると、その機能的能力は妨げられる。同様に、HDAC1および3に対する特異性を持つモセチノスタットや、強力なHDAC1阻害剤であるロミデプシンは、MIER1とこれらの脱アセチル化酵素との間の正常な相互作用を破壊し、遺伝子発現に対するMIER1の調節作用を効果的に阻害する。
さらにこの流れに沿って、広範囲に作用するHDAC阻害剤であるパノビノスタットと選択的阻害特性を持つチダミドは、MIER1がHDAC1をクロマチンにリクルートするのを阻害し、それによってMIER1のクロマチン修飾機能を阻害する。Belinostatとバルプロ酸もHDAC活性を阻害し、その結果、MIER1がクロマチン構築と遺伝子発現に影響を及ぼすのを妨げる。LMK-235は、主にHDAC4およびHDAC5阻害剤であるが、全体的なクロマチンランドスケープと遺伝子発現パターンを変化させることにより、間接的にMIER1を阻害する可能性がある。TacedinalineとScriptaidは、どちらもHDAC阻害剤であるが、クロマチンコンパクションと遺伝子抑制というMIER1の機能に資さないヒストンアセチル化状態を維持することにより、遺伝子発現を制御するMIER1の能力を阻害し、遺伝子制御におけるMIER1の役割を阻害すると考えられる。
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