KDELレセプター3の化学的阻害剤は、細胞機能の様々な側面を標的とし、小胞体(ER)常在タンパク質をゴルジ装置からERにリサイクルするタンパク質の役割を破壊する。ブレフェルジンAとモネンシンは、それぞれゴルジ装置の適切な機能に不可欠な小胞形成と陽イオン勾配を阻害する。これらの化学物質による混乱は、KDELレセプター3がゴルジ体とERの間を循環する能力を低下させ、タンパク質のリサイクル能力を阻害する。TunicamycinとCastanospermineは、糖タンパク質のフォールディングと輸送に重要なグリコシル化プロセスとグルコシダーゼ酵素を標的とする。KDELレセプター3は膜貫通タンパク質であり、その機能は適切なグリコシル化に依存しているので、これらの阻害剤はレセプターがタンパク質と結合し、リサイクルする能力を損なう可能性がある。同様に、SwainsonineとDeoxynojirimycinは糖鎖プロセッシングに関与する酵素を阻害し、KDELレセプター3を含む糖タンパク質のミスフォールディングとミス局在化を引き起こし、その正常なリサイクル機能を阻害する可能性がある。
さらに、小胞体内のカルシウムホメオスタシスを破壊するTapsigarginのような阻害剤は、カルシウムレベルの変化により、KDELレセプター3の結合親和性やリサイクルに影響を与える可能性がある。コルヒチンやノコダゾールのような微小管破壊剤は、KDELレセプター3の細胞内移動と機能に不可欠な微小管ネットワークに沿った輸送を妨げることにより、KDELレセプター3を直接阻害する。バフィロマイシンA1とクロロキンは細胞内コンパートメント内のpHを上昇させ、KDELレセプター3のリサイクリングプロセスに重要なpH依存的リガンド結合と放出に影響を与える。最後に、EerIは小胞体ストレスとアンフォールドタンパク質応答を誘導し、小胞体内にミスフォールドタンパク質を蓄積させる。このストレスは、KDELレセプター3に過剰なタンパク質を再利用させることにより、KDELレセプター3の機能を効果的に阻害し、ERの恒常性を維持する役割を阻害する。
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