HMGN3活性化剤は、細胞内シグナル伝達経路のカスケードを通じて間接的にHMGN3の機能的活性を増強し、リン酸化とクロマチン相互作用の増強をもたらす一連の化合物である。フォルスコリンやIBMXのような化合物は、細胞内のcAMPレベルを上昇させ、PKAを活性化することにより、クロマチンリモデリングにおけるHMGN3の役割を間接的に増強する。同様に、cAMPアナログである8-Br-cAMPとホスホジエステラーゼ阻害剤ロリプラムはPKA活性を上昇させ、HMGN3のリン酸化と機能を高める可能性がある。PMAによるプロテインキナーゼCの活性化、イオノフォアA-23187とイオノマイシンによる細胞内カルシウムレベルの上昇は、HMGN3をリン酸化するキナーゼの活性化につながり、ヌクレオソームとの相互作用を増強し、クロマチンリモデリング活性を促進すると考えられている。
さらに、EGCGのキナーゼ阻害作用により、細胞内のリン酸化平衡が変化し、HMGN3のクロマチン相互作用の増強が促進される可能性がある。L型カルシウムチャネルアゴニストであるベイK8644は、細胞内カルシウム濃度を上昇させ、カルシウム依存性キナーゼを活性化してHMGN3をリン酸化し、そのクロマチンリモデリングの役割を高める可能性がある。ザプリナストとホスホジエステラーゼ阻害剤ビンポセチンの作用は、cAMPの上昇とそれに続くPKA活性をさらに支持し、HMGN3の機能的活性を高めると考えられる。H-89は主にPKA阻害剤として知られているが、キナーゼ活性に対するその広範な影響力は、HMGN3のリン酸化および活性の好ましい変化につながる可能性がある。
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