HIPK4の化学的阻害剤は、主にATPとキナーゼの活性部位を競合することによって、あるいはその制御経路を妨害することによって、様々な生化学的相互作用を介して機能阻害を達成することができる。幅広いキナーゼ阻害で知られるスタウロスポリンは、そのATP結合ポケットを占有することによってHIPK4を効果的に阻害することができ、その結果、ATPがHIPK4に関与し、HIPK4が担うリン酸化プロセスを開始するのを妨げる。同様に、もともとプロテインキナーゼC阻害剤として特徴づけられたビシンドリルマレイミドIも、構造の類似性からHIPK4のATP結合部位に結合し、そのキナーゼ活性を阻害することができる。もう一つの化学物質、5-ヨードツベルシジンはアデノシンアナログとして作用し、キナーゼの活性部位でATPと競合し、HIPK4の酵素機能を阻害する。
さらに、プロテインキナーゼAの阻害剤であるH-89は、ATP結合部位での競合阻害という同様のメカニズムでHIPK4を阻害することができる。JNK阻害剤SP600125は、直接的な阻害剤ではないが、HIPK4を含むシグナル伝達経路内のタンパク質間相互作用を阻害し、間接的にHIPK4の活性を阻害することができる。LY294002とWortmanninはともにPI3K/ACT経路を標的とし、LY294002はAKTの上流にあるPI3Kに直接結合して阻害し、HIPK4の活性を制御する可能性がある。Wortmanninも同様の効果を示し、HIPK4の機能を調節しうるPI3K/AKT経路を不安定化することにより、HIPK4を間接的に阻害する。mTOR阻害剤であるラパマイシンは、mTORシグナル伝達経路を抑制し、HIPK4のようなキナーゼの調節を含む下流効果をもたらす。MAPキナーゼ経路との関連では、PD98059とU0126はともにERK経路の上流キナーゼであるMEKを標的とする。MEKを阻害することで、これらの化学物質はERKの活性化を妨げ、その結果HIPK4の活性を調節し、機能阻害につながる。また、SB203580のp38 MAPキナーゼの選択的阻害は、HIPK4が関与している可能性のあるストレス応答経路を修正することにより、間接的にHIPK4を阻害することができる。最後に、Srcファミリーキナーゼの選択的阻害剤であるPP2は、SrcキナーゼとHIPK4のATP結合ドメインの類似性を利用して、ATP結合部位での競合阻害によりHIPK4を阻害することができる。
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