H2-Q10の化学的阻害剤は、抗原提示におけるH2-Q10の機能に不可欠な様々な細胞プロセスを阻害することができる。ブレフェルジンAは、小胞体とゴルジ装置間の小胞輸送に必要なADPリボシル化因子を阻害することにより、タンパク質の輸送を妨害する。この作用は、H2-Q10の適切な成熟と局在化を妨げる可能性がある。同様に、イオノフォアとしてのモネンシンは、細胞内のナトリウムとカルシウムのバランスを崩し、H2-Q10のペプチド負荷に重要なエンドソームとリソソームの経路にも影響を及ぼす可能性がある。クロロキンもクルクミンも、H2-Q10が通常抗原と結合する環境であるエンドソームとリソソーム内のpHを上昇させることによって作用する。pHの上昇は、H2-Q10の役割に不可欠な抗原プロセッシングを妨げる可能性がある。
H2-Q10にさらに影響を及ぼすのは、コルヒチンがチューブリンと結合することによって細胞骨格を標的とし、その重合を妨げることである。この作用は、H2-Q10による抗原の輸送と提示を含む細胞骨格機能を破壊する可能性がある。バフィロマイシンA1やコンカナマイシンAのような阻害剤は、液胞型H+-ATPaseを特異的に標的とし、H2-Q10による抗原処理に不可欠なエンドソームやリソソームのような小器官の酸性化を妨げる。タンパク質合成の阻害は、エメチンが利用するもう一つの戦略であり、mRNAに沿ったリボソームの動きを阻害し、H2-Q10とそれが提示するペプチドの産生を妨げる可能性がある。H2-Q10が提示するペプチドの生成に必要なタンパク質分解は、システインおよびセリンプロテアーゼを標的とするリューペプチンや、MG-132、ラクタシスチン、エポキソマイシンなどのプロテアソーム阻害剤によって阻害することができる。これらの阻害剤は総体的に、H2-Q10のローディングに適したペプチドへのタンパク質の分解を妨げ、H2-Q10の抗原提示機能を効果的に阻害する。
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