Gcn4阻害剤には、酵母のアミノ酸生合成に重要な転写活性化因子であるGcn4の活性を間接的に調節する幅広い化学物質が含まれる。これらの化合物はGcn4を直接標的にはしないが、Gcn4の機能に影響を与えうる様々な細胞や分子のプロセスに影響を与える。例えば、ラパマイシンとシクロヘキシミドはそれぞれ、Gcn4の活性とその合成に重要なTORシグナル伝達経路とタンパク質合成を阻害することによって作用する。同様に、ロイシンやメチオニンなどのアミノ酸はフィードバック阻害を行い、アミノ酸生合成経路の変化に応じてGcn4活性を調節する。
5-フルオロウラシルやクロロキンのような他の化合物は、それぞれヌクレオチド合成とリソソーム分解を阻害し、Gcn4の合成と分解に影響を与えうる経路である。スタウロスポリンと塩化リチウムは、Gcn4の安定性と活性に間接的に影響を与えるシグナル伝達経路を変更する、もう一つのクラスの阻害剤である。BortezomibとRoscovitineは、それぞれプロテアソーム活性とサイクリン依存性キナーゼを標的とし、タンパク質分解と細胞周期関連経路に影響を与えることにより、Gcn4の制御に影響を与える可能性がある。さらに、タプシガルギンやゲルダナマイシンのような化合物は、小胞体ストレスを誘導し、Hsp90の機能を破壊するが、これもまた、フォールディング解除タンパク質応答経路やタンパク質のフォールディング機構を通じて、間接的にGcn4活性を調節する可能性がある。
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