FBXO16の化学的阻害剤は、ユビキチン・プロテアソーム系(UPS)におけるFBXO16の機能を阻害することができる。UPSは、ミスフォールディング、損傷、または制御タンパク質の分解を担う細胞経路である。MG132、ボルテゾミブ、エポキソマイシン、ラクタシスチン、MLN2238(イキサゾミブ)、カーフィルゾミブ、デランゾミブ、マリゾミブ、オプロゾミブ、ウィタフェリンA、セラストロールなどのプロテアソーム阻害剤は、このタンパク質分解機構を破壊する。FBXO16は、E3ユビキチンリガーゼ複合体の一部として、タンパク質にユビキチン分子をタグ付けし、プロテアソームによる分解のシグナルを送る。プロテアソームを阻害することで、これらの化学物質は、FBXO16が通常分解にマークするタンパク質の蓄積を引き起こす可能性がある。この蓄積はUPSを飽和させ、タンパク質のターンオーバーを損ない、FBXO16の機能阻害につながる。プロテアソーム阻害によるユビキチン化タンパク質の蓄積は、FBXO16の基質へのアクセスを妨げたり、その制御状態を変化させたりすることによって、FBXO16の活性をフィードバック阻害する可能性もある。
さらに、幅広い脱ユビキチン化酵素阻害剤であるPR-619もFBXO16の活性を調節することができる。脱ユビキチン化酵素は、タンパク質からユビキチン分子を除去する酵素であり、多くの場合、タンパク質を分解から救う。脱ユビキチン化酵素を阻害することにより、PR-619はユビキチン化タンパク質の異常蓄積を引き起こす。この異常なユビキチン化は、FBXO16の基質を直接変化させるか、あるいはFBXO16がタンパク質のターンオーバーにおける役割を果たすために依存しているユビキチン化と脱ユビキチン化の細かく調整されたバランスを崩すことによって、FBXO16の正常な機能を阻害する可能性がある。その結果、脱ユビキチン化酵素の阻害は、FBXO16が効果的にタンパク質を分解するためのタグをつけることを妨げることにより、間接的にFBXO16の機能を阻害し、UPSにおけるタンパク質の役割を機能的に阻害することになる。
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