CYP2J11の化学的阻害剤は様々なメカニズムで作用し、酵素の機能を阻害する。テルフェナジンとミコナゾールはそれぞれ、カリウムチャネルと酵素のヘム鉄を標的とすることで効果を発揮する。テルフェナジンは、CYP2J11の産物によって調節されるhERGカリウムチャネルをブロックすることが知られており、酵素の活性を低下させる。一方、ミコナゾールはCYP2J11の活性部位であるヘム基に直接結合し、正常な代謝過程を阻害する。ケトコナゾールも、CYP2J11のヘム基に結合して酵素活性を阻害することで、同様の作用を示す。モンテルカストは間接的に作用する。ロイコトリエンの濃度を下げることで、CYP2J11が利用できる基質を減らし、結果として酵素活性を低下させる。
ダナゾール、クロトリマゾール、チクロピジンなどの他の阻害薬も、さまざまな方法でCYP2J11を阻害する。ダナゾールはCYP2J11の結合部位を天然基質と競合させ、酵素の実際の基質代謝能力を低下させる。クロトリマゾールは、代謝活性に不可欠なヘム鉄に結合して酵素の機能を阻害する。チクロピジンは、CYP2J11に不可逆的に結合する反応性代謝物を形成し、持続的な阻害をもたらすというユニークなメカニズムを持つ。ジエチルジチオカルバメート、クロラムフェニコール、スルフィンピラゾン、フェニルブタゾン、プロピルチオウラシルはそれぞれ、酵素の活性部位またはヘム基との相互作用を介してCYP2J11を阻害する。ジエチルジチオカルバメートはキレート剤として作用し、ヘム鉄に結合して酵素の機能に不可欠なヘム鉄触媒反応を阻害する。クロラムフェニコールは活性部位に結合し、触媒活性を阻害する。スルフィンピラゾンとフェニルブタゾンはともに競合阻害により阻害し、CYP2J11の基質と直接競合する。最後に、プロピルチオウラシルは酵素の酸化能を阻害し、CYP2J11による基質の代謝に影響を与える。
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