CTBS阻害剤は、関連する細胞経路への影響によって分類され、主にRNA合成、RNA修飾、タンパク質翻訳の過程を標的とする。アクチノマイシンD、α-アマニチン、DRB、リバビリンなどの薬剤は、それぞれ異なるメカニズムでRNA合成を阻害する。例えば、アクチノマイシンDはグアノシン-シトシンに富んだDNA配列に特異的に結合してRNA合成を阻害し、α-アマニチンはRNAポリメラーゼIIを選択的に阻害する。RNAの合成の減少は、CTBSがこのような細胞内で作用していることを考えると、間接的にCTBSのRNA修飾活性を阻害する可能性がある。
さらに、5-アザシチジンやミコフェノール酸のような化合物は、それぞれ遺伝子発現やRNA合成に影響を与える。そうすることで、RNA修飾におけるCTBSの機能的役割に潜在的な示唆を与える。ピューロマイシン、シクロヘキシミド、ラパマイシンなど、タンパク質の翻訳に影響を及ぼす化合物は、リボソーム機能あるいはより広範な翻訳調節経路に影響を及ぼす。CTBSの役割が、タンパク質翻訳の前駆体であるRNAプロセスと絡み合っていることを考えると、翻訳ダイナミクスを変化させることは、間接的にCTBSに影響を与える可能性がある。最後に、2-デオキシグルコースやオキサミン酸のような解糖系や細胞エネルギー経路の阻害剤は、CTBSを調節する間接的な手段を提供する。細胞エネルギーの乱れは、CTBSが作用するRNAに関連する酵素機能を含む、酵素機能に連鎖的影響を及ぼす可能性がある。
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