CCHD8阻害剤は、タンパク質を直接標的とするわけではないが、CCHD8が適切に機能するために依存している様々な細胞プロセスを阻害することによって作用する。ロテノン、アンチマイシンA、アジ化ナトリウムに見られるような電子伝達鎖成分の直接阻害、あるいはオリゴマイシンやCCCPのようにミトコンドリア膜電位とATP合成を阻害することによってである。これらの化合物は、ミトコンドリア内でのエネルギー産生を効果的に減少させる。これは、ミトコンドリアの完全性と機能の維持に不可欠であり、CHCHD8が密接に関係しているプロセスである。
さらに、2-デオキシ-D-グルコースやパラコートのような他の化合物は、それぞれ解糖を阻害したり、酸化ストレスを誘発することによって代謝ストレスを与える。この代謝ストレスは、ミトコンドリアの健康状態に下流の影響を及ぼし、それによってCCHHD8の機能に影響を及ぼす可能性がある。ツニカマイシンやブレフェルジンAのような化合物は、ミトコンドリアタンパク質の恒常性維持に不可欠なプロセスであるタンパク質の修飾や輸送を阻害し、これらのプロセスにおけるCHCHD8の役割に間接的に影響を与える可能性がある。
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