CELF5の化学的阻害剤は様々なメカニズムで作用し、RNAプロセシングにおけるCELF5の機能を阻害する。例えばレプトマイシンBは、核外輸送経路の重要なタンパク質であるエキスポーティン1(CRM1)を標的とする。CRM1を阻害することで、レプトマイシンBはCELF5の核内滞留を引き起こし、細胞質での典型的な役割を果たせなくする。同様に、ミトキサントロンはDNAとのインターカレーションとトポイソメラーゼIIの阻害により、DNA合成と修復を阻害する。このような核内環境の変化は、CELF5活性を必要とする転写後制御機構を変化させることにより、間接的にCELF5に影響を与える可能性がある。もう一つの阻害剤であるアルファアマニチンは、mRNA合成に重要なRNAポリメラーゼIIを直接阻害し、CELF5が利用できるRNA基質を減少させる。アクチノマイシンDもDNAに結合するが、転写開始複合体で結合するため、RNAポリメラーゼによるRNA鎖の伸長が阻害され、その結果、CELF5の機能に必要なRNA基質が減少する。
転写関連阻害剤の系統をさらに下ると、DRBとフラボピリドールはRNAポリメラーゼIIを介する転写を阻害し、CELF5が結合して調節するはずのRNAの転写を減少させ、その機能を阻害する可能性がある。トポイソメラーゼ阻害剤であるカンプトテシンとエトポシドは、ともにDNA損傷を引き起こし、転写プロセスを阻害し、CELF5とRNA転写物との相互作用を阻害する。トリプトライドはRNAポリメラーゼI、II、IIIを幅広く阻害し、アフィジコリンはDNAポリメラーゼαとδを選択的に阻害するため、RNA合成が全般的に減少し、CELF5が作用できるRNA分子のプールに影響を及ぼす。コルディセピンはアデノシンとの構造的類似性から、RNA合成の際に鎖のターミネーターとして働き、CELF5の結合と調節のためのRNA転写物の長さと量を減少させる。最後に、ICRF-193のトポイソメラーゼII切断可能複合体の安定化は転写阻害をもたらし、CELF5が通常制御するRNA転写物の成熟を阻害することにより、間接的にCELF5を阻害することができる。
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