カルパイン3阻害剤には、プロテアーゼと直接相互作用はしないが、細胞内のカルシウムレベルを調節することにより、その活性の低下を誘導する化学物質が含まれる。カルパイン3の活性はカルシウムのホメオスタシスと密接な関係があり、列挙した化合物はこのバランスを乱し、カルパイン3のタンパク質分解活性を低下させる。これらの化合物は、この効果を得るためにさまざまなメカニズムを用いている。あるものはカルシウムチャネルのレベルで作用し、チャネル自体またはチャネルを制御する受容体をブロックし、それによってカルシウムの流入を減少させる。また、細胞内でカルシウムを直接キレートするものや、カルパイン3の活性化にカルシウムを供給する貯蔵・放出機構に影響を与えるものもある。この阻害薬群には、ベラパミル、ニフェジピン、アムロジピンなどのカルシウム拮抗薬が含まれ、これらは伝統的に心血管系の適応で使用されているが、細胞のカルシウムレベルを制御するという二次的な機能を有する。
カルシウムのシグナル伝達経路を阻害することは、カルパイン3の活性を調節する上で重要な戦略である。筋疾患におけるカルパイン3の役割は、筋細胞内での正確なカルシウム調節の重要性を強調しており、これらの化合物はカルパイン3の機能に必要なカルシウムイオンの微妙なバランスを変化させる能力を有している。これらの阻害剤の作用は、筋細胞の興奮-収縮カップリングに重要な電位依存性L型カルシウムチャネルや、酵素活性化を含む多くの細胞プロセスに必要なイオンを供給する細胞内カルシウム貯蔵など、特異的な標的によってさらに区別される。要するに、これらの化合物によるカルパイン3活性の効果的な低下は、細胞内のカルシウム動態への影響の結果なのである。
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