BAZ2Bの化学的阻害剤は、クロマチンリモデリングとメチル化またはアセチル化ヒストンの認識におけるBAZ2Bの役割を阻害するために、様々なメカニズムで機能する。C646は、BAZ2Bをアセチル化できるヒストンアセチルトランスフェラーゼであるp300を選択的に阻害することによって作用し、それによってBAZ2Bがヌクレオソームに効果的に結合する能力を低下させる。同様に、ガルシニアとアナカルジン酸はp300とPCAF(もう一つのヒストンアセチルトランスフェラーゼ)を標的とし、阻害されるとBAZ2Bのアセチル化が減少し、クロマチンリモデリング活性が制限される。クルクミンは、BAZ2Bのアセチル化とその後の活性化に不可欠なp300のHAT活性を阻害することによって、BAZ2Bの機能を破壊する。この阻害により、クロマチン構造を調節するBAZ2Bの能力が低下する。
BIX-01294やUNC0638のような阻害剤は、BAZ2Bのメチル化認識能力を標的とする。BIX-01294は、BAZ2Bが認識して結合するヒストン残基をメチル化するG9a HMTaseを阻害する。UNC0638は、G9aおよびGLPヒストンメチルトランスフェラーゼを阻害することによってBAZ2Bの機能をさらに阻害し、結合基質が減少するためにBAZ2Bのクロマチンとの相互作用を低下させる。Chaetocinと3-Deazaneplanocin Aもヒストンのメチル化を抑制し、ChaetocinはSUV39H1を阻害し、3-Deazaneplanocin AはEZH2を標的とする。クラスIのHDAC阻害剤であるエンチノスタットは、ヒストンのアセチル化を増加させ、おそらくBAZ2Bとメチル化ヒストンとの相互作用を阻害する。ケルセチンは、BAZ2Bの活性に必要なリン酸化を担うキナーゼを阻害し、間接的にその機能を低下させる。MG-132はタンパク質のプロテアソーム分解を阻害し、BAZ2Bの活性に必要なユビキチン依存性のシグナル伝達を阻害する可能性がある。最後に、I-CBP112はCBP/p300のブロモドメインを阻害するため、ヒストン上のアセチル化リジンへの結合においてBAZ2Bと競合し、BAZ2Bのクロマチン結合とその後の機能を阻害する。
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