3EのようなPRAMEの化学的活性化因子は、異なる細胞内シグナル伝達経路を通して、タンパク質の活性を調節することができる。フォルボール12-ミリスチン酸13-アセテート(PMA)は、プロテインキナーゼC(PKC)を直接刺激する。PKCは、PRAME like 3Eを含む様々な標的タンパク質をリン酸化する役割を果たすことで知られている。このリン酸化は、PRAME like 3Eの活性を変化させ、細胞プロセスにおけるその機能を調節する。同様に、フォルスコリンはアデニリルシクラーゼを活性化することにより、細胞内のcAMPレベルを上昇させる。上昇したcAMPは、プロテインキナーゼA(PKA)を活性化し、PRAME like 3Eをリン酸化し、その活性を変化させることができるもう一つのキナーゼである。イオノマイシンは、細胞内カルシウムレベルを上昇させることで、3EのようなPRAMEをリン酸化できるキナーゼの活性化を伴うカルシウム依存性のシグナル伝達カスケードを開始することができる。cAMPアナログであるジブチリル-cAMPもPKAを活性化し、PRAME like 3Eのリン酸化を引き起こし、その機能に影響を与える。
上皮成長因子(EGF)のような他の活性化因子は、それぞれの受容体と相互作用して、複数のキナーゼが関与するシグナル伝達経路を始動させ、細胞シグナル伝達ネットワークの一部として3EのようなPRAMEをリン酸化する可能性がある。レチノイン酸は、その受容体に結合することにより、遺伝子発現と細胞分化に影響を与え、PRAME様3Eを含むタンパク質のリン酸化パターンに変化をもたらす。ブラジキニンとヒスタミンはそれぞれのレセプターに結合し、ホスホリパーゼCを活性化し、ジアシルグリセロール(DAG)とイノシトール三リン酸(IP3)を産生する。カルモジュリンは、カルシウムと結合すると、様々なキナーゼやホスファターゼを活性化し、3EのようなPRAMEをリン酸化する可能性がある。タプシガルギンは、SERCAポンプを阻害することによってカルシウムのホメオスタシスを破壊し、3EのようなPRAMEを標的とするカルシウム依存性タンパク質の活性化につながる可能性がある。最後に、過酸化水素は反応性分子として、3EのようなPRAMEを修飾するキナーゼを含むシグナル伝達経路を活性化する可能性がある。一方、βアドレナリン作動薬であるイソプロテレノールはcAMPを増加させ、その結果PKAが活性化され、3EのようなPRAMEがリン酸化される可能性がある。
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