オートファジーの重要な担い手であるAtg3は、主にオートファゴソーム形成に不可欠なステップであるLC3の脂質化に関与している。Atg3を直接・間接的に標的とする阻害剤は、オートファジーを理解し調節する上で重要である。オートファジーは、細胞の分解とリサイクルのプロセスであり、細胞の生存、分化、発生、恒常性維持に極めて重要である。オートファジーは、がん、神経変性、感染症など様々な疾患において極めて重要な役割を果たしている。
Atg3はE2様酵素活性という特異的な作用機序を持つため、Atg3の直接的な阻害剤は少ない。しかしながら、スパウチン-1のような化合物は、主要なオートファジータンパク質のユビキチン化と安定性を制御するUSP10やUSP13のような、Atg3の機能に影響を与えるタンパク質に影響を与えることによって、間接的な阻害を示す。もう一つの間接的阻害剤であるベルテポルフィンは、YAP-TEAD複合体を標的とすることでオートファゴソームの形成を阻害し、オートファジー関連遺伝子の発現に影響を与える。Atg3阻害剤の大部分は、オートファジー経路を間接的に調節することによって機能する。クロロキンやヒドロキシクロロキンのような薬剤は、オートファジーの最終段階を阻害し、オートファゴソームとリソソームの融合に影響を与え、間接的にオートファゴソームの成熟におけるAtg3の役割に影響を与える。3-MA、SAR405、Wortmannin、LY294002のようなPI3K阻害剤は、オートファジーの開始段階を標的とするため、間接的にAtg3の活性に影響を与える。Torin1やAZD8055のようなmTOR阻害剤はオートファジーを促進し、それによってAtg3の機能的状況に影響を与えるが、mTOR活性化剤であるMHY1485はオートファジーを阻害し、Atg3の活性を調節する別のアプローチを提供する。
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