Ada1 アクチベーター

一般的な Ada1 活性化剤には、トリコスタチン A CAS 58880-19-6、5-アザ-2′-デオキシシチジン CAS 2353-33-5、ナトリウム酪酸塩 CAS 156-54-7、バルプロ酸 CAS 99-66-1、ベツリン酸 CAS 472-15-1 などがあるが、これらに限定されない。

Ada1活性化剤は、クロマチン修飾による転写制御に関与するSpt-Ada-Gcn5-アセチルトランスフェラーゼ（SAGA）複合体の構成要素であるAda1の機能を増強するように設計された化学物質群であろう。Ada1は、SAGA複合体の構築と安定化に重要な役割を果たし、この複合体が標的遺伝子にリクルートされることに関与している。活性化因子によってAda1活性を調節することは、SAGA複合体がヒストンをアセチル化する能力を促進し、それによって転写因子のDNAへのアクセス性に影響を与え、最終的に細胞の転写出力に影響を与えると考えられる。Ada1の活性化因子は、他のヒストンアセチルトランスフェラーゼや転写装置の構成因子が非特異的に活性化されるのを避けるため、高度に特異的でなければならない。

Ada1活性化因子の性質と効果を解明するために、研究者たちは、おそらくin vitro研究から細胞アッセイまで、一連の実験を行うことになるだろう。In vitroでは、これらの活性化因子が、SAGA複合体の他の構成要素やヒストン基質に対するAda1の親和性を増加させるかどうかを決定するために、結合アッセイが用いられるかもしれない。蛍光異方性、等温滴定カロリメトリー、表面プラズモン共鳴のような技術は、相互作用のダイナミクスを定量化するために採用されうる。さらに、Ada1活性化因子がヒストンのアセチル化に及ぼす影響は、ヒストンアセチルトランスフェラーゼアッセイを用いて評価することができる。ヒストンアセチルトランスフェラーゼアッセイは、転写を促進するクロマチンリモデリングの重要なステップである、アセチルCoAからヒストンタンパク質へのアセチル基の転移を測定するものである。細胞内では、Ada1活性化因子が遺伝子発現に及ぼす影響を、トランスクリプトーム解析（RNA-seq）を用いて解析し、グローバルな転写プロファイルの変化を同定することができる。ChIP-seq（Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing）を使えば、ゲノム全体のヒストンアセチル化パターンの変化を調べることができる。これらの包括的な解析により、Ada1活性化因子がその効果を発揮する分子メカニズムや、その結果として生じる遺伝子発現制御の変化についての知見が得られるであろう。