DNAメチルトランスフェラーゼ3Bの化学的活性化物質、反対鎖は、様々な方法で酵素に関与し、その活性を調節することができる。S-アデノシルメチオニンは直接基質として機能し、酵素のメチル化活性に不可欠なメチル基を提供する。RG108は触媒ドメインと相互作用し、DNAメチルトランスフェラーゼ3Bの反対鎖が活性状態で阻害されないようにする。プロカインは、DNA脱メチル化作用で知られているが、メチル化状態を変化させることによって、DNAメチル化酵素3Bの活性を間接的に高めることができる。カフェインは、ホスホジエステラーゼを阻害することにより、細胞内のcAMPレベルを上昇させる。この上昇はプロテインキナーゼA(PKA)を活性化し、PKAはDNAメチル化酵素3B(反対鎖)をリン酸化し活性化する。アザシチジンは、核酸に取り込まれた後、DNAメチル化酵素3Bの活性をアップレギュレートし、脱メチル化を相殺する反応を引き起こす可能性がある。ケルセチンの抗酸化作用は、酸化的DNA損傷を軽減し、DNAメチルトランスフェラーゼ3Bのメチル化機能をサポートする環境を作り出す。チロシンキナーゼを阻害するゲニステインの能力は、シグナル伝達経路を修正し、酵素の活性化を高める可能性がある。レスベラトロールは、細胞ストレス応答に関与するサーチュインを活性化し、DNA修復過程におけるDNAメチル化酵素3Bの活性を促進する可能性がある。
クルクミンは様々なシグナル伝達経路と相互作用し、ゲノムの安定性を維持するためにDNAメチル基転移酵素3Bの活性を上昇させる可能性がある。同様に、DNA複製中に5-アザ-2'-デオキシシチジンが取り込まれると、DNA上に酵素が捕捉される可能性があり、捕捉された酵素に対する細胞応答の一部として活性化が増加する可能性がある。シネフンギンは阻害剤ではあるが、アロステリックな変化を引き起こす結合相互作用を通じて、DNAメチル基転移酵素3Bの反対鎖も活性化する可能性がある。最後に、エピガロカテキンガレートが細胞のシグナル伝達経路を調節することで、細胞がシグナル伝達の変化に反応する際に酵素の活性が調整される可能性がある。
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